Im Gegensatz zum Vorläufer ist dieser Prototyp in jeder Hinsicht eine eigenständige Entwicklung. Das klassische Antriebskonzept mit Frontmotor und Heckantrieb wurde beim S 2000 allerdings beibehalten.

Der Steifigkeit der Karosserie erzeugende Mittelsteg des SSM wich beim S 2000 einer üblicheren Gestaltung des Fahrgastraumes. Eine so hoch wie möglich gelegte Gürtellinie und eine spezielle X-förmige Versteifung des Rahmens sorgen stattdessen für ausreichende Verwindungssteifigkeit.

Auch den Motor wechselte Honda beim S 2000 gegenüber dem SSM. Er erhielt ein 2,0-ltr.-dohc-Aggregat mit VTEC-Technik und der damals höchsten Liter-Leistung eines nicht aufgeladenen Serien-Triebwerks.