Der Prototyp des FCX Clarity stand im Jahre 2005 auf der Tokyo Motor Show. Aber erst zur Los Angeles Motor Show des Jahres 2007 konnte das Vorserienmodell vorgestellt werden und ab Sommer 2008 begann die Auslieferung einer Kleinserie des FCX Clarity, die auf einer eigens errichteten Fertigungsstraße in Hondas New Model Center im Werk Tochigi hergestellt wurde.

Im selben Werk entstanden auch die Honda-eigenen Brennstoffzellen-Stacks, deren Fertigung besondere Anforderungen an die Qualität und die Präzision der Arbeit stellt.

Wie beim Vorgänger konnte der FCX Clarity nur geleast werden. Im Preis von 600 $ waren allerdings Wartung und Versicherung bereits enthalten.

Honda plante etwa 200 FCX Clarity in den folgenden drei Jahren abzusetzen. Zu den ersten Kunden gehörte auch die Familie Spallino aus Redondo Beach, Kalifornien, die als erste Privatkunden das Vorgänger-Modell geleast hatten.