Der 2,0-ltr.-Motor mit einer Liter-Leistung von 120 PS/ltr. ist eine Neuentwicklung mit auf Leistung optimiertem VTEC und der Rückkehr zur Kettensteuerung der beiden obenliegenden Nockenwellen.

Auch beim Antriebskonzept folgt das S 2000 Cabriolet der Tradition: Frontmotor und Heckantrieb gab es seit dem S 800 bei Honda nicht mehr.

Um den strengen Abgasvorschriften genügen zu können, erhielt der S 2000 in Nordamerika im Jahre 2004 und ein Jahr später in Japan einen größeren Motor.